Diagnoositietojen toimittamisessa on huomattavia ongelmia useilla hyvinvointialueilla. Tiettyjen pitkäaikaisdiagnoosien määrät vaikuttavat alueiden rahoitukseen, joten ongelma heijastuu suoraan niiden talouteen. Hyvinvointialueet sekä Helsingin kaupunki ja HUS ovat toimittaneet vastauksensa valtiovarainministeriön selvityspyyntöön, jossa perataan hyvinvointialueiden rahoituksen tietopohjan ongelmia. Vastauksista nousee esiin kovaa kritiikkiä niin valtiota kuin Terveyden ja hyvinvointilaitoksen (THL) toimintaa kohtaan. Käytännössä kysymys kulminoituu siihen, miten hyvin THL:n saamat tiedot tietyistä pitkäaikaisdiagnooseista vastaavat todellisuutta. Diagnoositiedot ovat merkittäviä, sillä ne vaikuttavat huomattavasti valtion rahoituksen jakautumiseen hyvinvointialueiden välillä.